La iglesia de Céspedes posee una sola nave de gran altura, fragmentada en tres tramos, incluida la cabecera de testero plano. El primer tramo, a los pies, se cubre con bóveda estrellada con combados, y por último la cabecera, también con bóveda estrellada de combados curvos.

A la izquierda de la nave, en el lado del Evangelio, se abre una pequeña capilla cubierta también con bóveda estrellada de combados curvos. En ese mismo lado, desde el altar se accede a la sacristía. Finalmente destacaremos del interior el coro en alto con balaustrada de madera, bajo él se encuentra la pila bautismal.

En el exterior podemos ver el pórtico de entrada, cubierto por vigas de madera de trazado popular. Sobre el pórtico se eleva la espadaña, donde se cobijan las dos campanas del templo.

El retablo principal es barroco prechurrigueresco, con dorado de buena calidad. En el banco, los relieves de San Pedro y San Pablo, en la hornacina central se dispone el santo patrón, San Martín, y a su lado los cuatro evangelistas, Marcos, Juan, Lucas y Mateo. En el centro del remate la Crucifixión y a sus lados dos telas con dos evangelistas.

En la capilla lateral hay un interesante lienzo, que representa la Virgen del Rosario, patrona de Medina de Pomar, tal y como aparece anotado en una cartela a los pies de la Virgen. Se trata de una tela de finales del siglo XVIII, la obra guarda relación con las pinturas peruanas de Lima y Cuzco de esta época.