Bisjueces se sitúa al pie de una pendiente, con la sierra de la Tesla al fondo. La iglesia se dispone casi al final del pueblo donde podemos distinguir ejemplos de construcción de tipo popular, así como buenos ejemplos de arquitectura blasonada. El 30 de agosto de 1991 la iglesia fue declarada BIC con la categoría de monumento.

Llama la atención en el exterior el poderoso pórtico con bóveda estrellada que protege la portada renacentista, el más bello ejemplo del Renacimiento de las Merindades. La portada se concibe como un retablo que, por sus analogías con el Arco de Santamaria de Burgos, se han nombrado como posibles autores a Juan de Vallejo y Simón de Colonia. Dos columnas estriadas enmarcan el arco de medio punto de la entrada, cuyas enjutas se decoran con unos pegasos convertidos en grutescos, angelotes y dos medallones con el busto de un hombre con concha de peregrino y una mujer. A ambos lados se disponen las hornacinas con los dos legendarios jueces de Castilla: Laín Calvo y Nuño Rasura. Sobre el entablamento, en el centro hay una hornacina con San Juan, custodiado por San Pedro y San Pablo, y sobre ellos, de remate, un tondo con la figura de Dios Padre en actitud de bendecir. El templo se asienta sobre otro anterior románico, a juzgar por los canecillos románicos que se han reutilizado en la actual construcción. En los pies se dispone una torre cuadrangular de tres pisos con un cuerpo superior para campanas con dos vanos en cada lado, en ella encontramos uno de los ejemplos de gárgolas existentes en esta Merindad.

El interior es una sencilla planta de una sola nave con tres tramos y cabecera recta, cubierto con bóvedas de terceletes y crucería, con dos capillas a los lados. A los pies de la iglesia, en lo que es el primer cuerpo de la torre, se aloja el baptisterio, cubierto con una pesada bóveda de sillar. Merece la pena acercarse a la sacristía para ver la serie de pinturas murales descubiertas recientemente, bajo el posterior encalado, que debieron formar parte de un espacio verdaderamente interesante.

El retablo rococó es de finales de siglo XVIII, bien dorado, que se ajusta perfectamente al testero plano de la iglesia. La traza se debe a Bernardo de San Miguel, mientras que las esculturas fueron realizadas por Juan Rojo. El tabernáculo perteneció a un retablo anterior. Para René Payo, la imagen de San Juan Bautista debió pertenecer a un retablo anterior. A su izquierda se disponen San Marcos y San Agustín, y a la derecha San Jerónimo con el león y San Lorenzo. En el centro del cascarón la Asunción de la Virgen, custodiada a su izquierda por San Ambrosio y San Bernardo de Claraval. En el lado del Evangelio se encuentra una magnifica talla de la Virgen con el Niño y San Juanito, que debió de pertenecer a un anterior retablo renacentista y que recientemente ha sido restaurada, habiendo sido finalizado el trabajo con un brillo inusual a la pátina que debió de caracterizarla en origen.

Es notable también el púlpito renacentista de piedra que se encuentra desmontado en el presbiterio.