La iglesia se situa a la derecha de la carretera en dirección a Bilbao que divide el pueblo. Bocos fue un pueblo importante, puesto que por él pasaba la vía de comunicación que enlazaba Madrid y Castilla con los puertos del Cantábrico, y era obligado en uno de sus tramos atravesar esta localidad. Junto a la iglesia se encuentran restos del que fue Palacio de los Medinilla, del que actualmente solo se conservan restos de su fachada, al haber sido derribado en la década de los sesenta del siglo pasado.

La iglesia es de una sola nave, con otra más pequeña en el lado Epístola (derecho), y un añadido a la derecha de la entrada, destinado a baptisterio. La iglesia, en su mayor parte del siglo XVI, se dispone sobre otra anterior románica de la que se conserva únicamente se portada abocinada con sencilla decoración en sus arquivoltas.

En su interior, cubierto con bóvedas estrelladas de las que en las claves y nervios del presbiterio encontramos escudos nobiliarios de las familias enterradas en la iglesia, encontramos un interesante sepulcro de piedra.

En el lado del Evangelio (izquierdo) en el presbiterio hay un sepulcro de piedra con dos figuras orantes bajo un arco de medio punto con casetones; es el enterramiento de Agustín de Medinilla y su esposa María Bonifaz y López de Bocos. En el cartel aparece la siguiente inscripción: “AQUÍ ESTÁ SEPULTADO EL MUY MAGNÍFICO SEÑOR AGUSTÍN DE MEDINILLA. SEÑOR DE ESTA CASA DE BOCOS EL CUAL MANDO HACER ESTE MAUSOLEO A JUAN LÓPEZ BOCOS DE MEDINILLA SU NIETO, MURIÓ AÑO DEL SEÑOR 1535 Y DE EDAD 90 AÑOS”.

El retablo mayor, prechurrigueresco, fue realizado en 1694 por Pedro Alguero en la villa de Limpias, salvo los remates que se hicieron en 1698. Es un clásico retablo barroco con profusión decorativa y columnas salomónicas adornadas con hojas y racimos de vid. Las figuras representadas son: en el banco, a la izquierda, San Jose y a la derecha Santa Barbara, sobre ella San Pablo, en la hornacina central San Pedro y a su izquierda San Juan Bautista. En el remate aparece Cristo Crucificado.

En la capilla del Rosario encontramos otro retablo prechurrigueresco del siglo XVII que aloja en su nicho central y único la imagen gótica de la Virgen con el Niño.

En el baptisterio encontramos una sencilla pila bautismal, procedente de la iglesia románica primitiva, que se decora con sencillos gallones. La figura renacentista da gusto popular del San Pedro que encontramos en este espacio hace referencia posiblemente al primitivo retablo mayor, el anterior al actual barroco que se conserva.